在众多睡眠疾病中，睡眠呼吸暂停对人类的健康威胁最大。睡眠呼吸暂停可直接导致人体长期缺氧、胸腔负压增加以及睡眠结构紊乱等问题，具有很大的潜在危险，并因此造成多个系统功能损害，包括心脑血管系统、呼吸系统、中枢神经系统、内分泌系统、血液系统等，是并发高血压、糖尿病、脑血管意外及心肌梗死等疾病的高危因素。
睡眠呼吸暂停是过度嗜睡的独立高危因素，这一结论已为医学界的普遍共识。由此带来生活质量的下降，并增加了驾驶时发生车祸的风险。最近的研究提示，睡眠呼吸暂停综合征患者发生撞车的风险是健康人群的2~7倍。而一旦车祸发生了，因开车打瞌睡造成的后果要更加严重，据有关部门统计，因疲劳驾驶造成的交通事故占特大交通事故的40％~80%。
睡眠呼吸暂停会引起一系列代谢和内分泌失调，在糖尿病患者中有70%的患者合并有睡眠呼吸暂停。睡眠呼吸暂停是高血压的独立高危因素已被大规模的横断研究所证实。许多研究都表明，至少有30％的高血压病患者有睡眠呼吸暂停症状，大约50％的睡眠呼吸暂停患者患有高血压病。睡眠呼吸暂停是脑卒中、心肌梗死、动脉粥样硬化等其他类型心脑血管疾病的高危因素，也同样被许多医学研究所证实。
流行病学调查表明，心血管病患者在凌晨1点至早上8点的死亡率较高，而这也正是睡眠呼吸暂停时间更长、引起的低氧血症更重的时间。研究显示，未经治疗的睡眠呼吸暂停会导致心血管事件风险的显著增加，这表明睡眠呼吸暂停可引起死亡。国外报道，未经治疗的中重度睡眠呼吸暂停患者5年的病死率为11%～13%，8年病死率为37%。
