有些病人因害怕胃肠镜检查会有痛苦而犹豫不决。事实上现在的镜子质量已与最初的情况不可同日而语了。随着材料（更细、更软，操控性更好）和制作技术的进步以及操作医生技术的熟练，半数以上病人接受胃镜检查时仅有轻度不适感。一般熟练医生在3～5分钟内即可完成胃镜检查（包括拍照、取活检等操作），遇到复杂病人也很少超过10分钟。因此多数病人是能够承受的。胃镜检查一般不会产生疼痛，主要不适是恶心和短暂憋气的感觉。这是由于病人的恐惧心理和胃镜通过咽部插入食管时的反射而引起的。镇静地进行深呼吸就可以减轻不适感。肠镜检查在开始进镜时、通过左右两个弯曲时有些轻微的疼痛，也要进行均匀的深呼吸。
