类风湿性关节炎是以滑膜炎为特征的慢性破坏性疾病，滑膜炎症在组织学上类似局部的免疫反应，其中浸润的细胞以T细胞为主。T细胞的免疫识别需要T细胞受体-MHC-递呈抗原三分子复合物的形成。疾病相关的HLA-DR分子选择性地结合一个特异的外源性或内源性抗原。这些MHC和抗原的复合物被表达选择性T细胞受体的特异性CD4+T细胞识别，启动并维持着滑膜的炎症。HLA-DRB1的两个等位基因在决定RA病情严重程度上起着协调的作用。RA的发病和严重程度并非某一单倍型决定的。病情轻，关节外病变少的RA患者一般表达一个DR4单倍型，另一单倍型则为非RA相关DRB1等位基因，而DR4纯合子，尤其是DRB1*0401纯合子者，几乎都并发关节外病变及血管炎。说明第二个单倍型决定了患者的临床表现和疾病的严重性。2个等位基因决定RA病情严重程度上的协同作用，称为/基因剂量效应/。携带2个RA发病相关基因患者者高。在纯合分子中，基密度为杂合子的2倍。细胞表面II类分子的密度与胸腺对TCR的阳性选择机制有一定的数量关系。细胞表面RA相关HLA-II类分子密度高的T细胞被阳性地选择进入外围，并使TCR的位点特异性发生改变。意味着II类分子可间接改变TCR位点的形态，从而改变免疫反应的进程。有人认为DR基因本身并不参与发病，而是影响TCR的d、B链表型而致病。
