常规中西医治疗对本病无特效疗法，只把囊肿的大小变化作为治疗效果的判断标准，这是不科学的。因此大多数患者即使早期检查发现了此病也往往消极等待，病情逐渐加重发展至尿毒症才治疗。较为熟悉的囊肿去顶减压穿刺或手术切除治疗多囊肾不仅容易招致感染，且易损伤正常肾组织，仅在合并肾囊肿内脓肿形成或严重剧痛经一般治疗无效时才采用手术。
肾囊肿的治疗需因人、因病情而异，不可一概而论。因为肾囊肿发展慢，在无症状时不损害肾脏，对健康无危害，且患者发现时一般年龄较大，对于无症状的患者，即使囊肿较大也可不行治疗，而采取定期复查肾脏B超。如患者腰部疼痛、排尿异常系肾囊肿引起，且肾囊肿直径在5cm以上，可采取手术治疗。
传统的手术方法包括细针穿刺和开放手术，前者系在B超指引下用长穿刺针从皮肤刺入囊肿，吸出囊液，虽然避免了开刀之苦，但穿刺后易复发;后者虽然复发率低，但患者损伤大，腰部遗留较长的手术疤痕。
中医全息论肾区离子导入疗法治疗将高浓度的中药离子不经消化道而直接在肾区(肝区)通过经络渗透入肾脏囊肿内，脏家囊壁的通透性，加速血液循环，促使囊内液排出，使囊内压下降，从而保护肾功能，对早、中期患者只要肾功能恢复，囊肿不在生长，这类患者是完全可以达到过上正常人生活的目的。在全息治疗的过程中，可以同时溶化结石，排出结石，消除积水，但由于肾脏的病理破坏是不可逆的，所以必须早期治疗。
