病原体进入体内，不一定引起发病，这是因为人体有一整套防御机制。呼吸道的防御机制有：鼻咽过滤、会厌反射、咳嗽反射、呼吸道黏液纤毛清除功能、体液免疫及细胞免疫。当机体的抵抗力受到损害，足够数量的病原菌到达下呼吸道，破坏防御机制或有强毒力的致病菌侵袭可导致发病。其发生有两种方式：
⑴ 病原体由周围环境经上呼吸道吸入肺内。吸入是常有的现象， 5%的正常人及70%神志受损的人在睡眠时有吸入，吸入几乎是不可避免的。
⑵ 病原体由其它途径进入血液，进而侵入肺内。肺内血管象树一样分支广泛，毛细血管与肺泡内皮细胞距离很近，所以病原体易滞留于肺泡或肺间质内，病原体在肺泡或肺间质内繁殖，发生毛细血管扩张、充血，大量白细胞和红细胞浸润，浆液渗出，浆液含有多种营养成份，是良好的培养基，有利于细菌的生长，并使感染借助液体流动或通过肺泡间孔和细支气管向邻近肺组织蔓延，病原体可以被包围在白细胞之间，最后通过白细胞表面的吞噬作用而被消灭，通过有效的抗菌药物治疗及自身白细胞的吞噬作用，病原体可逐步被消灭，使肺部炎症得以控制。
