有消化不良症状的病人到医院就诊时，医生往往会要求病人进行胃镜检查。一些病人因害怕胃镜检查会有痛苦，而犹豫不决。事实上，随着胃镜镜子质量的不断提高(更细、更软，操控性更好)和操作医生技术的不断熟练，半数以上病人接受胃镜检查时仅有轻度不适感。一般熟练医生在3-5分钟内即可完成胃镜检查(包括拍照、取活检等操作)，遇到复杂病人也很少超过10分钟。因此多数病人是能够承受的。
胃镜检查一般不会产生疼痛，主要不适是恶心和感觉到呼不出气。由于病人的恐惧心理和胃镜通过咽部插入食管时的反射，多数病人会有暂时憋气，这就像一个不会游泳的人掉在水里一样，会不自主憋气。当病人实在憋不住后才呼气，就会出现恶心。因此胃镜检查时病人不憋气和调匀呼吸是关键。由熟练的医生进行胃镜操作，检查时病人的不适程度主要由病人因素所决定，一般高度恐惧、中青年、男性、体型较胖、吸烟、刷牙容易恶心的病人，胃镜检查时反应较大，不适程度高。这些病人可通过使用镇静药物使他们处于无意识状态而消除检查时的不适，即可采用"无痛"胃镜检查。
