肥厚性心肌病的遗传学说：约55%的肥厚性心肌病患者有明确的家族史或有明确的家族聚集倾向。遗传方式以常染色体显性遗传最常见。其遗传表型属异质型。在不同家族和不同个体之间的发病率和病态表现各不相同。肥厚性心肌病的遗传学说被认为可能与组织相容抗原(HLA)系统有密切关系。在肥厚性心肌病患者人群中，HLA-DRW4，Ag，B5，B4 抗原的出现率增加。近年来有关肥厚性心肌病致病基因研究有了重要发现，大约50%的病人是由心肌蛋白基因突变所致，其余50%的病人致病机制不清楚。Matkins 在1994 通过在家族连锁研究，显示至少有5 个独立的位点在不同的染色体上因突变而引起肥厚性心肌病。并根据人体染色体组命名为“肥厚性心肌病位点1～5”。其中3 个基因已标码为β 肌凝蛋白重链(β-HMC)基因、肌钙蛋白T 基因及α-肌钙蛋白基因，其各自的染色体位点分别是14q1、1q3 及15q2。第4 个位点在11q11，第5 个位点尚未肯定。已知在不同家族中，β-MHC 基因至少有30 个以上的独立突变点，所以，这种多相的异质型表现，不仅在临床症状方面不相同，而且心脏组织学形态也各有异。
关于致病基因与肥厚性心肌病的发病机理尚不清楚。在COS 细胞分层装置研究中，见有基因突变者不能由COS 细胞形成肌节，认为可能是肌凝蛋白不能与肌动蛋白相结合。或是结构整合中所必需的其他蛋白发生障碍，导致心肌收缩力损害。还有认为已知的致病基因编码与心肌细胞内的肌原纤维蛋白，导致肌原纤维的排列错乱和肌细胞畸形，形成组织学中所见的“错乱”外观。因而将肥厚性心肌病归结为一种心肌肌原纤维发育不全(dysgenesis)的病态改变，导致心肌收缩力的损害，而心肌肥厚正是心肌收缩力障碍的一种代偿性结果，即异常的生长刺激所致。
