偏头痛诱发脑血栓的原因是：
1、血液凝固因素：偏头痛诱发脑血栓的病例具有明确的中风危险因素，如有些女性病人因口服避孕药诱发偏头痛，且可导致脑血管闭塞。偏头痛病人血小板聚集性较高，造成高凝状态而易致缺血性卒中。
2、血流动力学因素：研究发现，伴有先兆的偏头痛在发作期间有缺血性病灶，并能证实局部氧耗量增加。脑实质的阻力性微血管在神经元自发性去极化的作用下发生痉挛，血流量减少，使钾离子从神经元内释放的阈值下降。细胞外钾离子增加，加重了所接触的皮质神经元的自发性去极化，造成细胞外液减少及弥漫性皮质性脑肿胀，于是偏头痛病人的脑实质因机械性压迫而使微血管阻力增加，造成脑内较大血管因其顺流性阻力增加而处于低血流状态。
3、神经元性因素：偏头痛发作是因暴发性神经元活动引起缓慢的神经元去极化，并波及邻近的脑组织而产生扩展性皮质性抑制所致。
可以认为，促使偏头痛发作的原发性神经元现象伴有代谢及脑血流动力学改变，使大部分脑内血管处于低血流和缓慢血流状态，而当遇到新的促进血液凝固因素时，即可导致脑血栓形成。
