类风湿性关节炎分子模拟学说 Koudier等人发现EB病毒包膜的一种糖蛋白gp110的部分序列和HLA-DRB1的第70-74位氨基酸相同(谷-赖-精-丙-丙)，对合成的含有此段序列的gp110和DR4多肽研究发现抗DW4抗体可以和gp110蛋白结合，抗gp110抗体可以和DW4结合。由此推断，EB病毒感染诱发T细胞对gp110的免疫反应有可能和DR4及DW4发生交叉反应，诱发自身免疫反应导致RA发病;或机体对自身抗原的耐受导致对EB病毒的交叉耐受，使其在体内长期存活，EB病毒的核抗原与人类其它自身抗原，如胶原、肌对蛋白、滑膜组织的抗原性相似，又导致机体对这些自身抗原的交叉反应。尤其是滑膜中的抗原，造成针对关节组织的自身免疫反应。Albani等发现大杆菌产生的热休克蛋白dnaj的第61～65位氨基酸序列和DRB1*0401(DR4 DW4)的第70～74位氨基酸序列相同，第66～71位氨基酸序列和DRB1*0401的第75～80位氨基酸序列相同。由此推断，大肠杆菌感染人体后，人体针对热休克蛋白的T细胞免疫反应与DR4和HVR3(第三高变区)发生反应。这些都说明了外源性微生物感染后，其某些特殊的蛋白抗原激发的免疫反应和人体自身抗原发生交叉反应，从而诱发自身免疫性疾病，其中外源性微生物蛋白起了一种模拟作用，这就是分子模拟学说。此学说的不足之处是不能解释如此之多的EB病毒和大肠杆菌感染者中仅少数人发病。
