慢性疼痛及腰痛是多囊肾最常见的早期症状。疼痛可因囊肿扩大出敌国尿路感染、肾结石绞痛引起，少部分可同时出现肾细胞瘤。疼痛轻者有腹部闷胀不适，重者疼痛剧烈。疼痛包括腹痛、腹直肌痛、腹股沟及大腿部位的疼痛，或是刺激膈肌引起的疼痛，常随运动而加剧。疼痛的程度确差别很大，其确切机制不明，可能是由于囊肿扩大牵拉肾包膜，挤压肾实质或是对肾门牵拉引起的。疼痛加剧或性质改变可提示肾结石、肾出血形成血肿或梗阻、感染及恶性肿瘤等并发症。
除外一些可逆的或自限性疼痛，道歉的治疗首选取药物治疗，其中阿片类药物是较好的选取，只要没有乱用药物史，慢性病患者成隐的危险较小，然而目前研究还不能证明这种方法对慢性病患者有效。疼痛急性发作时通常使用阿片类止痛药有较好效果且剂量不足以引起成瘾。
多囊肾患者的疼痛程度不一，心理因素可使40%患者的疼痛加重。这些患者有一定的心理上的要求，如减轻工作压力、解除家庭中的矛盾。对于精神因素占主导地位或有疼痛症状的患者应综合治疗，包括心理与职业疗法、心理放松训练、分散注意力等。目前的研究更多地致力于心理疗法，从而避免了由于使用阿片类药物引起的危险性。
