多囊肾发生慢性肾衰竭机制，除因囊肿压迫、取代正常肾组织外，没有以下两个因素：1、非囊肿组织的缺血、硬化和炎症、纤维化;2、进行性功能肾单位的丧失引起剩余的正常肾单位的高灌注、高滤过以及促肾生长因子的产生，均促进肾单位的进一步破坏。
因此，邻近区域的状况决定了肾功能损害发展速度的因素。同一家族内发展至尿毒症的时限相似。本病迟早要发生肾功能不全，个别病便在青少年期就发生肾衰竭，有的病人在80岁仍可保持良好肾功能。一般来说40岁之前很少有肾功能减退，70岁时约有半数仍保持肾功能，男性预后差，起病早者预后差。但高血压者发展到肾衰竭的过程大大缩短。多数患者在肾小球滤过率降低之前，往往有肾小管浓缩功能障碍。因此，多囊肾的患者发展至肾功能损害的时间不能一概而论，与囊肿生长的速度、多囊肾是否有并发症等有密切关系。
