在妊娠期间要禁用或慎用各种抗菌药物，非用不可者，应在医生指导下使用。
青霉素可导致胎儿严重黄疸，严重时可导致胎儿死亡。
链霉素可引起胎儿先天性耳聋，骨骼发育畸形。
卡那霉素可致耳聋。
四环素可致牙釉质形成不全，形成/环素牙/，骨骼、心脏畸形，先天性白内障，四肢短小或缺损，新生儿溶血性黄疸。最严重的可出现脑核性黄疸甚至死亡。
土霉素、强力霉素可致胎儿短肢畸形。
氯霉素可致新生儿血液循环障碍，呼吸功能不全，发绀，腹胀(即/灰婴综合征/)。妊娠末期大量使用，可引起新生儿血小板减少症，再生障碍性贫血或胎儿死亡。
红霉素可致先天性白内障，四肢畸形。
庆大霉素可致胎儿耳损伤，甚至先天性胃出血及多囊肾。
磺胺类药物(以长效磺胺和抗菌增效剂为主)可致高胆红素血症、脑核性黄疸畸形。
多黏菌素E、B及万古霉素服用时间过长可使孕妇发生急性肾功能衰竭，使婴儿出生3年内易患神经-肌肉阻滞、运动失调、眩晕、惊厥及口角感觉异常。
万古霉素还可致婴儿暂时性耳聋或永久性耳聋。
利福平可致胎儿畸形。抗真菌类药物两性霉素B、灰黄霉素、制霉菌素、克霉唑对孕妇的神经系统、造血系统、肝肾功能可有严重不良反应。灰黄霉素还可致流产和畸胎。
氨苯蝶啶：对孕产妇有肝损害，可改变血像。
