多囊肾属先天疾患，乃先天禀赋不足所引起的肾脏发育畸形，故肾虚是其根本原因。此外病理因素还有痰瘀和水，且其间存有互为因果的关系。诚如徐庆暄老中医所言“病血者，未尝不病水;病水者，未尝不病血也”，“瘀血化水，亦发水肿”，无论何种多囊肾，最终必将导致痰、瘀、水三者积于肾脏，而且在三者关系上，更强调瘀在病理中的地位。瘀血可以化生痰水，而致瘀、痰、水互结，肾失所主;同时瘀血可致气血运行受阻，不能正常输布津液，以致痰水内生。从CT显示可为客观指征，尤其伴见尿血症状时，多囊肾的囊壁血管破裂，血液溢于尿液，故瘀血是多囊肾尿血时的基本病理之一。此外，临床检查也表明多囊肾患者血液处于高凝状态，有黏、浓、凝、聚的特点，从微观角度证实了瘀血证的存在。CT的检查也为活血化瘀治疗多囊肾提供了有利的依据。原则上应根据病因病机的特点辩明瘀血产生的原因考虑立法：根据标本虚实主次，调整治标治本之比例。如痰浊导致瘀血者，宜化痰泄浊活血化瘀;痰水导致瘀血者，宜化痰利水化瘀。兼有风热或风寒者，治宜疏风清热或辛温解表;兼有湿热者，治宜清热利湿;兼有寒湿者，治宜祛寒利湿。病久，本虚为著，治肾为本，兼调肝脾肺，分别气血阴阳不足，参以活血化瘀法调治。
单纯性肾囊肿，在临床上较常见，且多见于成年人，其发病机制与肾小管的梗阻局部缺血和先天性的发育障碍有关，可以分为单发性肾囊肿和多发性肾囊肿，两者的预后不同。
