系统性红斑狼疮要识别有没有器官受损：蛋白尿、贫血、白细胞、血小板下降、生化及胸部X检查。
狼疮细胞和抗核抗体ANA很敏感，但受到感染，服过一些药物，和患某些风湿病血检都可以抗核抗体阳性，因此不够准确。抗双链DNA抗体和抗SM抗体只出现于系统性红班狼疮，这些抗体可分别在70~80%和20~30%的病人中见到。
器官受累和特异核抗体的存在有关，针对磷脂的抗体是引起抗磷脂抗体综合征临床表现的原因，而免疫复合物或DNA抗体则可能引起肾炎。
如怀疑为系统性红斑狼疮，同时病人抗核抗体效价又高而且不能用其它情况加以解释，则必须作「抗可提取核抗原的抗体」检验。在高度怀疑系统性红斑狼疮的病人中，即使ANA筛查阳性，采用这种检验也能识别出抗Ro和抗La阳性。
疾病的活动性可以通过红细胞沉降率和C反应性蛋白水平升高、双链DNA效价升高以及C3和C4补体水平降低而得反映。
