任何器官都可受到影响，最常见是皮炎和关节炎。系统性红斑狼疮常会引流产，子?和死胎因此所有系统性红班狼疮病人妊娠都该视为高危险性。
典型的系统性红班狼疮，有跨鼻梁和两侧面颊的红斑，俗称「蝴蝶斑」。多数病人同时伴有发热，但热度一般不高。如果体温比较高，则应疑为有潜在感染。大约九成病人在发病开始时有关节肿痛，尤其是双手指关节、腕关节膘痛。
系统性红斑狼疮在疾病早期，可有发热、乏力、食欲减退、全身不适、关节肿痛、肌肉酸痛、体重减轻等一般症状。有些病人因有特定症状而就诊：如脱发或面部红斑;也有的病人有多种表现而就诊。
这些症状均可在许多疾病中出现，因此加大了诊断的难度，常常误诊为其它疾病。如关节痛误诊为类风湿关节炎，蛋白尿误诊为肾炎，胸水误诊为结核性胸膜炎。贫血、白细胞、血小板减少误诊为再生障碍性贫血，黄疸误诊为肝炎，发热、淋巴结肿大误诊为淋巴瘤，神经症状误诊为精神。
