红斑狼疮的基本病变主要是免疫复合物引起的血管炎。拿肾脏举一例子，人的肾脏实际是一个血管网，肾小球是一个血管团，起着过滤血液的作用，最后形成尿液排出体外。肾脏的病变，就是一个血管炎的病变，所以在红斑狼疮病人中，有50%以上的病人出现肾脏病表现。在显微镜下，可以看到肾有大量理的炎性细胞和渗出物。在电子显微镜下，可以看到毛细血管壁有免疫复合物的沉积。这些都是一个肾脏发炎的表现，当然不是细菌感染引起的炎症，而是由于自身免疫反应引起的无细菌的发炎，这个炎症导致了组织的损伤和破坏。
由于人体的大小血管作为输送营养和排出废物的交通支布满了全身，所以免疫复合物也可以随血流而到全身各处引起病变，故红斑狼疮的临床表现是一个全身性的、多样化的表现，但无论是心、肝、肾、肺或大脑，关节和皮肤，它是基本病变一致的，那就是免疫复合物引起的血管炎。治疗也就是针对这一免疫复合物所造成的免疫性炎症，用激素和免疫抑制剂来阻止它的形成和破坏组织。有时，症状控制了，但免疫反应并未静止，因此有复发的危险，此时主要用小剂量的药物来控制和维持，防止疾病的再复发，一些病人自行加药和停药是很危险的，一定要请有经验的医生来定夺。了解了这些，就能很好地配合医生来治疗，尽快地把自己的病情控制住。
