选择性脱污染（SDD）即用抗菌药物选择性地清除消化道潜在致病菌（主要为GNB和真菌）而不影响厌氧菌，如向口腔喷雾抗生素或涂布抗菌药物油膏，口服不吸收的多粘菌素、两性霉素B等。SDD能减少NP发病50％以上，但有诱发耐药菌株危险，应限于高危人群。预防应激性溃疡时，应使用对胃液酸度无影响的药物如硫糖铝而避免H2受体阻滞剂和止酸剂，以保持胃腔的无菌状态。鼻饲营养可致胃内细菌定植增加和促使胃液返流，最近有报告鼻饲液酸化可显著降低胃腔细菌定植。避免使用可抑制呼吸中枢的镇静药、止咳药。对昏迷病人要定期吸引口腔分泌物以减少吸入。
呼吸机相关肺炎的预防：①呼吸机回路管道连续使用48小时后应予更换。②回路管道上的冷凝水细菌浓度极高，清理时避免倒流入气道。③吸气管口联接滤菌器；保持室内良好的通风环境可减少呼出气带菌气溶胶对周围人群的影响。④呼吸机上的雾化器液所调温度不应低于45℃以减少细菌污染，使用后须彻底消毒。
医务人员的手常有GNB和金葡菌定植，正确的洗手方法与规则可减少致病菌传播。对粒细胞减少症、器官移植等高危人群，应采用保护性隔离技术如安置于层流室，医务人员进入病室时带口罩、帽子和穿无菌隔离衣。细菌疫苗在肺炎球菌肺炎的预防上取得较明显效果，近年来有采用多价绿脓杆菌疫苗预防该类肺炎的报告。
