在功能性便秘的治疗上，首先应教育患儿的父母和年长患儿，让他们了解正常排便和预防便秘的知识，排除影响排便的精神因素，学会正确排便的训练方法，掌握使用开塞露等简单的使用方法。其次清除积聚干结粪便，可在手指上涂润滑剂后仔细掏出。另外在医生的指导下合理使用泻药。如果儿童能正常进食谷类、面食、蔬菜、水果，一般不需要额外补充纤维素。养成每天定时大便习惯很重要，家长可利用小儿进食后产生的胃结肠反射来训练。年长儿童还可进行生物反馈训练。内科或康复治疗的效果在90%左右。疗效不佳的患儿，需进一步进行神经电生理检测、排粪造影、结肠运行试验和组织学等检查后有针对性地选择手术治疗。
