习惯性便秘的治疗关键在于建立科学合理的排便、饮食和生活习惯。要养成每天定时蹲厕所的习惯(不管当时有无便意，能不能排出大便)，有便意时不要忍，马上去大便，这样有利于形成正常排便的条件反射；饮食应该增加含植物纤维素较多的粗质蔬菜和水果，适量食用粗糙多渣的杂粮，如标准粉、糙米、山芋、绿豆、凉粉、薯类、玉米、燕麦片等；多食各种新鲜瓜果和蔬菜，尤其是西瓜、香蕉、梨、苹果、苦瓜、黄瓜、荸荠、白菜、芹菜、丝瓜、黄花菜等；适当吃一些富含油脂类的干果，如松子、芝麻、核桃仁、花生等；凉开水、蜂蜜等也有助于排便；少吃肉类和动物内脏等高蛋白、高胆固醇食物，少吃辛辣刺激性食物；生活上劳逸结合，保持心情舒畅，经常参加体育运动；腹部按摩也有助于排便，方法是由右下腹到左下腹作顺钟向按摩，早晚各一次，每次50-100次；要避免服用可导致便秘的药物，不可滥用刺激性泻药。
顽固的便秘，可服用轻泻剂，如酚肽双醋酚丁等，或用盐水、甘油、肥皂水洗肠。但长期使用泻药，可产生依赖性，有的泻药还要副作用，因此除非十分必要，解一时之急，最好是少用或不用泻药。通便药，可以选用膨松剂(如麦麸、欧车前等)和渗透性通便剂(如聚乙二醇4000、乳果糖)，对慢传输型便秘，必要时可加用肠道促动力剂(莫沙比利等)。
另外，对于中老年男性患者来说，便秘还会加重前列腺疾病。前列腺是生长在会阴部深处的粟子状性腺体，患者若发生便秘，坚硬的大便推挤在直肠内，会直接挤压染病的前列腺，造成其血流不畅，特别是前列腺增生症患者和处于前列腺炎前列腺癌发作期的患者，因便秘带来的影响会更突出。这种情况，需要便秘和前列腺疾病同时治疗。
