强调在诊断明确后，针对病历进行治疗。没明确诊断的治疗是一种盲目的对症治疗，有遗漏重要病变、延误病情，甚至导致错误治疗的危险。
有人曾提出慢性便秘的治疗目的是：①恢复正常排便频率和正常粪便稠度；②解除便秘引起的不适；③维持适当的排便规律而无需入为的帮助；④缓解可致便秘症状的原发病。要达到这个目的不太容易，要求医生熟悉排便生理，对患者便秘的病因、病理生理有深刻的了解，正确运用各种治疗方法，以及病人的积极配合，但关键仍是准确诊断。
原发病的治疗：对已查出的原发病，明确诊断后，采用相应的措施进行积极的治疗。如肛裂可局麻扩肛或行内括约肌侧切术治疗；结肠肿瘤则行根治或姑息切除；如系药物所致便秘，则应停服该种药物或改用他种不致便秘的药物；精神病、内分泌代谢病所致便秘应进行相应治疗以尽快消除原发病对肠道功能的影响等。
