在临床上应首先排除继发性肾病综合症后才能诊断为原发性肾病综合症，而且如果治疗效果不佳或者病情反复，必须做肾活检以明确病理分型。另外还需注意以下常见的继发性肾病综合症的鉴别诊断：
(1)系统性红斑狼疮性肾病：本病常见于年轻女性，往往表现为多器官损害，如关节痛、发热、面部蝶形红斑、肝脏及心血管系统病变等，血中可找到红斑狼疮细胞，血浆球蛋白明显升高(以IgG为主)，血抗核抗体阳性，C3值下降。
(2)紫癜性肾炎：本病较多发病年龄是7-10岁青少年，发病与呼吸道感染有关，冬季较多见。临床表现为过敏性紫癜的特症性皮疹，发生于四肢远端，臀部及下腹部，压之不退色，为出血性斑点，稍高于皮肤表面，可有痒感，1-2周后逐渐消退，但有时表现极轻。血尿是过敏性紫癜肾脏受累最常见的临床表现，多发生于上述症状4周以后，但约有10-20%病例在紫癜出现后半年到一年才出现肾病，但也有的患者首先出现血尿，以后表现皮疮等症状。
(3)肾脏淀粉样变：主要发生于中年以上患者。往往有慢性炎症或慢性化脓性疾病病灶、如慢性骨髓炎、肺脓疡，结核支气管扩张等。体内其它器管往往也有淀粉样变，可表现为肝脾肿大、心脏扩大、心功能损害等,目前肾活检为诊断肾淀粉样变的主要手段.刚果红试验有助于诊断。
(4)糖尿病肾病：多发生于病史较长(约10-15种)的糖尿病患者，患者有糖尿病视网膜病变，并往往和肾脏损害相平行，糖尿病肾病综合征，几乎都会有眼底损害，即微血管瘤或增殖性病变。糖尿病如出现肾病综合征且排除心力衰竭等其它能造成蛋白尿及水肿的因素，即可诊断为糖尿病肾病。
