肾病综合征的预后个体差异很大。决定预后的主要因素包括：
(1)病理类型。一般说来，微小病变型肾病和轻度系膜增生性肾小球肾炎的预后好。微小病变型肾病部分患者可自发缓解，治疗缓解率高，但缓解后易复发。早期膜性肾病仍有较高的治疗缓解率高，晚期虽难以达到治疗缓解，但病情多数进展缓慢，发生肾衰竭较晚。系膜毛细血管性肾小球肾炎及重度系膜增生性肾小球肾炎疗效不佳，预后差，较快进入慢性肾衰竭。影响局灶性节段性肾小球硬化预后的主要因素是尿蛋白程度和对治疗的反应，自然病史中非肾病综合征患者10年肾存活率为90%，肾病综合征为50%;而肾病综合征对激素治疗缓解者10年肾存活率为90%以上，无效者仅为40%。
(2)临床因素。大量蛋白尿、高血压和高脂血症均可促进肾小球硬化，上述因素如长期得不到控制，则成为预后不良重要因素。
(3)存在反复感染、血栓栓塞并发症者常影响预后。
