大多数患急性肾炎综合征的病人都能完全恢复。如果实验室检查显示尿中有大量蛋白质或肾脏功能急骤下降时，可能存在肾衰竭和最终的肾脏损害。急性肾炎综合征中有1%的儿童和10%的成人可发展成急进型肾炎综合征。大约85%～95%的儿童可恢复正常的肾功能，但是也有可能在其以后的生命中有增加发生高血压的危险。约40%成年人不能完全恢复而将继续存在肾脏功能异常。
大部分病例无特殊治疗。抑制免疫系统(免疫抑制剂)的药物和皮质类固醇也是无效的;皮质类固醇甚至可以使病情恶化。在发现急性肾炎综合征时如细菌感染仍然存在，应开始用抗生素治疗。当人工假体感染引起急性肾炎综合征时，例如心脏瓣膜，只要能根除感染其预后仍然是好的。根除感染除用抗生素治疗外，常常需要摘掉或置换人工假体。
病人需要低盐和低蛋白膳食直至肾脏功能恢复。使用利尿剂可以辅助于肾脏排出多余的盐和水。高血压必须采用药物治疗。发生严重肾衰竭的病人需要进行透析。
