慢性肾炎还须与下列疾病相鉴别：
(一)肾、泌尿道结核 肾、泌尿道结核是结核杆菌引起的肾脏和泌尿道感染。症状、体征、尿改变都可与慢性肾盂肾炎相似，其区别点是肾、泌尿道结核时尿路刺激症状明显，尿沉渣涂片可找到抗酸杆菌(要除外尿垢杆菌污染)，尿普通细菌培养阴性而结核杆菌培养阳性，尿亚硝酸还原试验阴性。X线检查有时可见肾区有结核病灶钙化影或有虫蚀样组织缺损区(干酪坏死灶)。部分肾结核患者可找到肺、肠及腹腔、骨、前列腺、副睾或盆腔结核病灶。
(二)尿道综合症(Urethral Syndrome)是女性常见的下尿路疾病，有明显的尿频、尿急、排尿困难等尿路刺激症状，但多无全身表现，无腰痛、无上输尿管点、肋腰点压痛，无肾区叩痛，中段尿检查白细胞数不增多或稍增多(一般<10个/HP)多次尿细菌培养菌落数< 10×107/L(105/ml)，症状经2-3天后逐渐消失，但却容易复发，该综合征有一部分可能为病原体感染，另一部分可能为非感染性疾病。
(三)慢性肾炎无明显尿路刺激症状，尿沉渣中白细胞数增多不明显，无白细胞管型，尿细菌检查阴性，而尿蛋白含量较多，易引起低蛋白血症，肾小球功能损害较明显。肾盂肾炎的尿蛋白量较小，一般在1-2g/24小时以下，而肾小管功能损害较明显。根据这些特点，两者鉴别不难。但晚期病例两者皆可以尿毒症为主要表现，鉴别有时困难，特别当慢性肾小球肾炎合并尿路感染时，更是如此。这时需详询病史和过去表现。结合两病各自的临床特点，加以分析、才能判定。若是慢性肾小球肾炎合并感染，经过治疗将感染控制后，肾小球肾炎的特点可明显地表现出来。
(四)其它在急性肾盂肾炎或慢性肾盂肾炎急性发作而以血尿为突出表现者，当血块通过输尿管时，可引起肾绞痛，这时须与泌尿道结石鉴别，通过询问病史，尿细菌学检查，必要时作腹部X线照片或静脉肾盂造影，可鉴别。
