经过治疗，某些病人很快恢复正常，某些病人留有轻的后遗症，有些病情重者留有严重的后遗症. 脑血栓形成可引起各种脑功能障碍，如肢体瘫痪，语言不清或失语等现象.
在恢复以后确认是否留有脑血栓后遗症起决定性作用的是血管的大小. 缺血时间，梗塞的部位，病灶的数目及治疗措施等因素有关。比如供应内囊的深穿主动脉缺血，影响内囊部位的供血，该部的神经纤维较集中，管理运动，感觉，语，视觉的纤维都从这里通过是一神经交通要道。
这个部位受损害则发生严重的偏瘫，偏身感觉障碍，偏富，即所谓"三偏"症状，还可伴有失语。其缺血程度达到脑组织坏死，则常留有严重的后遗症。若侧支循环建立较好，一般不留后遗症或留有较轻后遗症。
后遗症轻重还与急性期治疗早晚;有无并发症，措施是否得力及恢复期功能锻炼情况都有一定的关系。
脑血栓后遗症临床症状：患者发病前曾有肢体发麻，运动不灵、言语不清、眩晕、视物模糊等征象。常于睡眠中或晨起发病，患肢活动无力或不能活动，说话含混不清或失语，喝水发呛。多数病人意识消楚或轻度障碍。面神经及舌下神经麻痹，眼球震颤，肌张力和腹反射减弱或增强，病理反射阳性，腹壁及提睾反射减弱或消失。
