重症肌无力免疫学的病因尚无定论，自身免疫性疾病多发生在遗传的基础上，遗传柯能为其内因;在外因中，多数人认为与胸腺的慢性病毒感染有关。具有HLA-A1、A8、B8、B12、Dw3、的重症肌无力病人多为女性、青年起病，胸腺增生、无肿瘤、乙酰胆碱受体抗体检出率低，用抗胆碱酯酶药无效，早期切除胸腺疗效好。具有HLA-A2、A3的症肌无力病人多为男性，40岁以后起病，多合并胸腺瘤，乙酰胆碱受体抗体检出率高。上述提示遗传因素有重要作用。
最近，Sahashi采用免疫过氧化物酶的方法展示出现C9在突触后接合褶和突触间隙，类似C3补体的分布区。激活C9补体致不可逆的膜破坏，这支持补体介导的溶解在重症肌无力膜破坏机制中的作用，这不同于其他情况，例如Ducenn脊髓病性肌萎缩，它的接合褶被破坏，并没有IgG或Cq补体参加。最近资料指出，胸腺可能激活补体的替代途径并加速此反应的过程，抗体也可能使受体引起补全倡导的溶解。
体液免疫机制很重要，但在重症肌无力发病机制中仍不能排除细胞介导的免疫机制。实验性研究展示，在后期发作的病人，其周围循环血中的T细胞减少，主要减少T细胞的亚类3AI和OKT4。切除胸腺后。这些变化恢复正常。
