慢性疼痛及腰痛是多囊肾最常见的早期症状。疼痛可因囊肿扩大出敌国尿路感染、肾结石绞痛引起，少部分可同时出现肾细胞瘤。疼痛轻者有腹部闷胀不适，重者疼痛剧烈。疼痛包括腹痛、腹直肌痛、腹股沟及大腿部位的疼痛，或是刺激膈肌引起的疼痛，常随运动而加剧。疼痛的程度确差别很大，其确切机制不明，可能是由于囊肿扩大牵拉肾包膜，挤压肾实质或是对肾门牵拉引起的。疼痛加剧或性质改变可提示肾结石、肾出血形成血肿或梗阻、感染及恶性肿瘤等并发症。
除外一些可逆的或自限性疼痛，道歉的治疗首选取药物治疗，其中阿片类药物是较好的选取，只要没有乱用药物史，慢性病患者成隐的危险较小，然而目前研究还不能证明这种方法对慢性病患者有效。疼痛急性发作时通常使用阿片类止痛药有较好效果且剂量不足以引起成瘾。
