多囊肾的肾组织为大小不等的囊肿满布于皮质和髓质，大小不等的肾组织。囊泡所占体积远远超过肾实质部分，其外形酷似一簇葡萄。肾脏明显增大，肾脏断面囊肿内含浅黄色胶状液体。由于内出血可呈红色或咖啡色，含有少量蛋白、氯化物、胆固醇及少量尿素。若有钙盐沉积则显示混浊。囊肿之间可相互沟通，但不能与肾盂相连。囊肿压迫肾组织致使肾小管萎缩及硬化，肾小球消失，肾功能受损。同时也压迫肾内血管或伴有肾小动脉硬化。
多囊肾出现肾性高血压的患者如果控制不及时，将继续加大肾脏病理损伤，肾脏纤维化严重，血肌酐增高，病情恶化又会使得血压持续升高，可引起心脏扩大，心力衰竭。有些病人病情进展迅速，肾脏组织受压，肾功能受损则出现慢性肾功能不全，最终导致尿毒症。
所以多囊肾患者如出现肾性高血压症状，则需积极采取治疗措施，切勿自行服用一些药物，因为个人病情不同，且如不小心极易服用肾毒性药物，导致病情恶化迅速，甚至造成死亡，因此最好在专科医生的指导下治疗，控制高血压，修复肾脏受损组织，阻断肾脏纤维化继续进展，恢复肾脏功能。
