面肌萎缩临床表现为患侧或重病侧鼻唇沟加深，口角反牵向患侧或重病侧，患侧或重病侧眼裂变小(萎缩再严重时,上下眼皮萎缩外翻,眼球发红,形似兔眼,也叫"兔眼征",此时眼裂反而变大)，不抬眉时双眉不一样高，患侧或重病侧面部变薄变小，鼓气时人中沟歪向患侧或重病侧(萎缩再严重时,表情肃穆时嘴也歪向患侧或重病侧)，患侧或重病侧外耳道变小，患侧或重病侧鼻孔变小，上下牙齿不能对齐，有的眼睛复视(就是把一个物体看成两个物体的现象，是因为一侧面肌严重萎缩,双眼球不能等同会聚,致使被视物体之像不能成像于两眼视网膜的对称点上。
这种视觉紊乱给患者带来极度的不适，虽然单眼视力正常，但双眼视物不清，恶心呕吐、头痛、旋晕、步态不稳，喜欢不自主地闭上一只眼，或采取代偿头位来消除或减轻症状，继而引起斜颈或全身不适，症状严重的可能被误诊为脑肿瘤、颅内压高等，在神经科做不必要的昂贵的检查。脖子紧,脱发,若一侧面肌完全萎缩时会引起萎缩侧耳鸣(面神经麻痹患者有耳鸣的并不一定都是面肌萎缩,有的刚患病时也有耳鸣,甚至头晕)，尤其是讲话或吃饭时颅骨会发出咯吧咯吧的响声，面部色泽灰暗或呈褐色。
