系统性红斑狼疮患者90%以上肾脏受到侵犯，表现为蛋白尿、血尿、管型尿，面部、上眼睑及双下肢水肿。以蛋白尿为主要表现者易于被误诊为急慢性肾炎、肾病综合症。
系统性红斑狼疮心脏受累可表现为心包积液、心动过速、心力衰竭、或心脏扩大，患者常自觉心悸、气短。可通过拍胸片、心脏彩超、心电图等检查手段了解。
血液系统损害表现为白细胞、血小板低，轻度贫血，常被误诊为骨髓纤维化、再生障碍性贫血、特发性血小板减少性紫癜等血液系统疾病，按血液系统疾病 SLE的肺部表现，即可表现为急性狼疮性肺炎，咳嗽、咳痰、胸闷气短不能平卧;也可表现为间质性肺炎，表现为慢性咳嗽、活动后气短，时间长后出现肺动脉高压、肺纤维化。患者往往被误诊为肺部感染，抗生素治疗无效，延误治疗。胸腔积液较常见，其许多患者以胸腔积液为首发症状，以被误诊为“结核性胸膜炎”，长期接受不必要的抗结核治疗。
系统性红斑狼疮还可引起中枢神经及周围神经系统的多种表现，中枢神经系统受损者“称为狼疮性脑病”,表现为偏头痛、抽搐、脑梗塞(引起语言及肢体功能障碍)、还可引起精神障碍，如精神病、抑郁症、躁狂、强迫、焦虑;周围神经系统受累表现为一侧或双侧肢体麻木、感觉异常，也可进表现为单个手指或足趾的麻木、疼痛等感觉异常。
系统性红斑狼疮临床表现多样，可以以期中任何一个系统症状发病，甚至多年仅表现为单一系统症状，也可两种或两种以上系统同时受累，较难诊断。系统性红斑狼疮好发于青年女性，因此青年女性出现上述表现，常规治疗效果不佳时，要想到系统性红斑狼疮的可能，为避免延误治疗，及早到专科医院或大医院诊治。
