有不少证据表明遗传因素在红斑狼疮发病中起一定的作用。在同卵双生儿中均发病的可达65%，二人发病的间隔时间一般在二年以内，且临床表现颇为相似。患者家族成员中高γ球蛋白血症、类风湿因子、抗核抗体阳性发生率较高，在直系亲属中的发病率可达5%～12%，发病间隔时间在9年以内，父母或祖父母中有LE的发病的间隔约20年。近年来组织相容性抗原(HLA)的研究进一步支持了本病的遗传易感性，发现SLE患者中表达率明显高于正常人的有HLA-B8、HLA-DR2、HLA-DR3、DQwl等。在女性DLE病人中HLA-B1阳性的转为SLE的要比其它病人高2.15倍。而药物引起的红斑狼疮综合征与DRw4相关。研究还发现SLE病人常有与遗传有关的补体缺陷，如C2(主要是C2D)，C4(特别是C4A、C4D)，Gm和低水平的CRl有关。还有人发现SLE病人的一些自身抗体的产生与HLA也有一定的关系如抗Sm抗体与DR7，DR4相关。抗SS-B抗体与DR3和Dw2、Dw3有关，抗SS-A抗体与DR2、DR3、DQ1/DQ2和补体C2D缺陷有关。目前认为影响SLE发病的是多个独立的分隔基因，这些基因可影响到病人的免疫调节、免疫反应、网状内皮系统、免疫球蛋白和性激素等。这些都说明SLE发病与遗传因素有一定关联。
