细菌性腹泻以夏季发病数量高。在人工喂养时，喂养时所用的器皿和食物很容易被污染，如果消毒不好，就有感染的可能。幼儿进食不洁食物及饮料可以导致发病。此外，长期应用大量抗生素导致菌群失调也可以引起细菌性腹泻。由于引起腹泻的细菌不同，所以临床表现也不相同。
1、大肠杆菌引起的腹泻多在夏季发病，起病比较缓慢，开始轻，逐渐加重。出现呕吐、低热及脱水症状，大便有腥臭味，可有较多粘粹，亦可有便血情况。
2、金黄色葡萄球菌引起的腹泻多由于长期大量使用抗生素导致的菌群失调所致。主要特点为不同程度的发烧、腹泻和呕吐，大便开始呈黄绿色，3-4天后变成有腥臭味的暗绿色水样便。次数极多，每天可达10-20次，小儿脱水情况严重。
3、霉菌引起的腹泻多并发于其他感染或长期应用广谱抗生素的病儿。大便每天3-4次，为黄色稀水便，有的像豆腐渣状，有的呈绿色，泡沫多，带有粘液。
