婴幼儿腹泻的预后与病儿的体质、病因、治疗时机和治疗方法有关。
(1)体质因素：体质衰弱(重症营养不良和佝偻病)的病儿，由于机体代谢调节功能较差，抵抗力低下，容易发生各种并发症，使腹泻迁延不愈，预后较差。新生儿、早产儿病情易于迅速恶化，预后也较差。
(2)病因：耐药性致病性大肠杆菌或其他耐药细菌感染预后较差，继发二重感染者如真菌、金黄色葡萄球菌感染等预后也差。
(3)治疗时机：轻型腹泻若未及时治疗，导致病情严重，迁延日久，预后较差。
(4)治疗不当：未进行调整和适当限制饮食，减少胃肠道负担；未及时控制肠道内外感染以及纠正水与电解质紊乱和加强护理，导致各种并发症发生，影响预后。此外，滥用广谱抗生素，引起菌群失调和二重感染，可加重消化功能紊乱，如不及时停药，迁延不愈者预后差。
