宝宝发生腹泻的原因有以下几点：
首先根据腹泻分类来分析原因是这样的。
小儿非感染性腹泻主要是由于喂养不当，如进食过多、过少、过热、过凉，突然改变食物品种等引起，也可由于食物过敏、气候变化、肠道内双糖酶缺乏引起。
小儿感染性腹泻可由病毒（以轮状病毒为最多）、细菌、真菌、寄生虫感染肠道后引起。感染病毒的宝宝大便次数多达十余次甚至更多，且大便中多伴随著大量的水份，因此若腹泻情形严重，会导致宝宝脱水，甚至休克的现象。
还有一个原因是有的宝宝婴儿对乳糖（牛奶中的唯一碳水化合物）缺乏消化能力，称之为乳糖不耐受。如果宝宝缺乏这样的消化能力，那么对于喝下的牛奶就容易发生腹泻。
这种乳糖不耐症也分两种情况。一是先天性乳糖不耐受，另一种是由于腹泻引致暂时性乳糖不耐受。
发生暂时性乳糖不耐受的主要原因是婴儿的肠胃很容易受细菌或过滤性病毒所感染而引起腹泻，腹泻使小肠壁表面消化乳糖的细胞受损伤，因此对乳糖的消化能力大大减低，而引起暂时性的乳糖不耐受。
