肺炎支原体感染的潜伏期为14～21天，多数患者起病缓慢，1／3～1／2无症状。通常以咽炎、气管、支气管炎、肺炎、耳鼓膜炎等形式出现，其中肺炎最重。症状的发生频率依次为咳嗽、发热、乏力、畏寒、头痛、肌肉或关节痛、咽痛、脓痰、耳痛等，部分患者有类似上感症状，胸痛少见，半数患者可闻及干湿性罗音。
肺炎支原体肺炎病情一般较轻，少数患者较重，但很少死亡。其特点是热退后咳嗽及肺部罗音消失较慢，可延长至6周左右，多与X线征象的消散相平行。少数患者可发生肺脓肿、肺门淋巴结肿大、纵隔肿块等。肺部X线表现多样化，特点是多与体征不成比例，即临床表现轻而X线检查发现较多浸润病灶，肺部阴影可长至2～3周消退，少数可延长至4～6周。
肺炎支原体肺炎的另一特点是可发生非呼吸系统的严重并发症，任何器官均可累及。常见并发症有自身免疫性溶血性贫血，非特异性肌痛或关节痛，多种皮肤粘膜病变（如结节性红斑和多形性红斑），心肌炎或心肌心包炎，心律失常甚至心功能不全等，最严重的并发症是中枢和外周神经系统病变，可导致死亡。
