尽管有抗生素，患上严重肺炎球菌败血症的儿童和年轻人的死亡率仍为10%、50至70岁人的死亡率超过30%，而70岁以上则是50%。
本世纪60年代，几乎所有的肺炎球菌对青霉素都敏感。但现在，在得克萨斯州的休斯顿，分离的肺炎球菌中约20%对青霉素中度耐药，15%高度耐药。在中度耐药的分离菌株中，只有60%对四环素敏感、90%对红霉素敏感，而对克林霉素及新的大环内酯类的敏感性均下降50%耐二代头孢菌素，25%耐三代头孢菌素。这说明肺炎球菌对抗生素的耐药正在不断增加。
目前耐药率最高的是韩国，在那些分离到的肺炎球菌中，70%显示对青霉素有一定程度的耐药。过度应用抗生素导致了耐药微生物的选择性增殖，这是个持续存在的问题。在美国儿童日托中心的研究显示，在任一时间，中心中总有约40%的儿童正在服用抗生素。对抗生素的耐药使人们对适当应用疫苗预防肺炎球菌疾病重新发生了兴趣。
