细菌是医院获得性肺炎（hospital acquired pneumonia，HAP．简称医院内肺炎nosocomial pneumonia，NP）最常见的病原，占90％以上，真菌、病毒及其他病原体较少见。三分之一为混合感染。3％～26％NP由金葡菌引起。
医院内肺炎链球菌肺炎已明显减少，70年代约占31％，近年则降至不足3％。肠球菌肺炎少见，但病情多较严重，耐药率高、治疗困难。革兰阴性杆菌（GNB）占NP病原的50％～80％，主要为肠杆菌科细菌和非发酵菌。肠杆菌科中以肺炎杆菌和大肠杆菌为常见，但分离率有下降趋势；阴沟杆菌耐药率极高，近年发病增加，甚至成为ICU的重要流行株；沙雷菌可污染呼吸器械导致NP暴发流行。非发酵菌中，绿脓杆菌引起的NP约占10％～35％，多见于慢阻肺、人工气道机械通气或免疫功能损害患者，已成为NP首位常见病原菌；洋葱假单胞菌、恶臭假单胞菌和不动杆菌的毒力不如绿脓杆菌，主要引起免疫抑制患者肺炎。以往认为NP中流感杆菌少见，但近年报导气管插管后48～96小时内常发生该菌引起肺炎。
军团菌肺炎多为散发病例，国内其发病统计资料较少。厌氧菌所致的NP少见，但个别报告高达35％。我国普通人群结核感染率较高而结核发病的潜伏期又相当之长，住院期间发生的肺结核常很难断定为医院感染。0％～5％的NP由真菌引起，以念珠菌最为常见，约占80％以上，其次为曲菌和毛霉菌感染。呼吸道合胞病毒和流感病毒A可引起NP暴发流行，多见于婴幼儿病房；成人散发病例中以巨细胞病毒为重要，常伴免疫抑制。卡氏肺孢子虫感染少见，几乎均发生于AIDS和器官移植等免疫抑制患者。
