临床上为指导治疗而常用的分类如下：
1．直肠肛管出口梗阻型便秘：是由于各种原因导致盆底肌功能不良的顽固性便秘，多见于女性，表现为排便困难、排便不尽，服泻药常无效；重者，骶尾部坠胀。女性可伴有阴道或子宫脱垂，常需病人用手挤压阴道或手抠出存在直肠末端的干粪便。直肠指诊，可感知肛管内压力增高，直肠粘膜松弛、堆积，有的直肠前壁向阴道膨出。排粪造影和直肠压力测定可确定诊断，显示盆底肌功能不良，而结肠传输试验正常。这型便秘又分几种情况：①直肠前突：多见于女性，依据直肠向前方突出程度分为3度，即轻、中、重度，其中重度需手术修补。②直肠内套叠：又叫直肠内脱垂，多因直肠过长，加之长期排便用力，使直肠粘膜与肌层分离。指诊能触到堆积粘膜，可经肛门行直肠粘膜结扎，但效果不持久。③ 耻骨直肠肌综合征：与耻骨直肠肌痉挛性肥大有关。指诊，肛管延长，肌张力增高；肛管压力测定，静息和收缩压均增高；X线检查存在"搁架征"。可用耻骨直肠肌部分切除术治疗。④ 会阴下降综合征：为放射学诊断，上端肛管在耻骨联合与尾骨连线处，若排便时低于2厘米，即为会阴下降。
2．结肠慢运输型便秘：此类型，结肠运输缓慢，盆底肌肉功能正常，临床上表现无便意、便次少、腹胀；轻者口服胃肠动力药有效，重者可行结肠次全切除，回肠、乙状结肠或直肠吻合术。但需要排除肠激惹综合征。
