目前，多数学者主张，预后良好的急性淋巴细胞白血病不必在初次完全缓解期做自体骨髓移植，但高危的急性淋巴细胞白血病还是在取得完全缓解后不待复发就进行自体移植为好。急性淋巴细胞白血病一旦复发，取得第二次缓解后单用化疗的长存活率很低，而自体移植骨髓移植可使1/3的患者获得长生存。
有一组报告，儿童急性淋巴细胞白血病第一次缓解长于4年者自体骨髓移植后3年LFS达81%，而短于2年者只有10%左右。有高复发危险的患者在移植后给以维持治疗可能有益于减少复发。至于急性粒细胞白血病在何时进行自体骨髓移植的问题，多数认为除少数化疗治疗效果较好的亚型如M3外，均应在第一次完全缓解期进行自体骨髓移植。美国西雅图移植中心在急性粒细胞白血病的第一次缓解期采髓冻存,一旦患者有复发迹象，立即用含白消安的方案进行预处理，然后回输先前冻存的骨髓，无复发存活率(RFS)可达40%左右。获得第二次完全缓解的急性粒细胞白血病患者应不失时机地进行自体骨髓移植。
