心脏病可以直接促使脑血栓的发生，因此是脑血栓形成的重要独立危险因素。
心功能不全可引起脑组织血灌注量不足。加上患者脑动脉粥样硬化、血管腔狭窄、高血凝状态，故容易形成脑血栓。另外，在心脏病时，心脏瓣膜的炎性赘生物脱落或心脏附壁血栓脱落后随血流进入脑血管，可以发生脑栓塞，并可在此基础上形成新的血栓。
风湿性心脏病是造成脑栓塞的主要原因。约有40%～90%的脑栓塞是由风湿性心脏病引起的。而且风湿性心脏病造成的脑栓塞极易复发。据统计，约有30%的患者在2年内复发，约有50%的患者在6年内复发。因此，风湿性心脏病患者预防脑栓塞至关重要。
心肌梗死和脑血栓的关系非常明确。在急性心肌梗死患者中，44%有附壁血栓形成，有5%～15%发生脑栓塞。
心源性低血压可诱发脑缺血和脑血栓形成。血压降低、血流缓慢等可由多种类型的心脏疾病引起，当同时存在脑动脉粥样硬化及高血凝状态时，即可发生脑血栓。
因此可以认为，心脏病是脑血栓的重要病因之一。采取有效措施防治心脏病，将会使心脏病引起脑血栓的发病率大幅度下降。
