如果儿童长期便秘，由于食物糟粕经常滞留在肠道内，在肠道细菌的作用下发酵并腐败，产生大量的有害气体和有毒物质，经肠壁吸收后进入血液中，通过循环系统来到各个器官。毒素到达大脑后，使脑神经受到恶性刺激，从而妨碍了脑神经的正常功能，记忆力不仅会下降，逻辑思维能力和创造思维能力也可能受到影响，有便秘史的儿童，由于膨胀的直肠压迫膀胱壁，从而可导致膀胱的容量减少，白天出现尿频，夜间出现遗尿。这样，上学的孩子为了控制频繁上厕所，自觉减少饮水量，从而又加重便秘，这是儿童便秘不容易纠正的原因之一。夜间遗尿会加重儿童心理负担，家长只知道责备和发愁，并不知道患儿便秘也可治疗遗尿。国外专家发现患有便秘的儿童中有遗尿症的比例很大，有人调查了25例遗尿儿童，其中有22例是持续便秘者。
