以前消化内镜只是一种重要检查手段，随着内镜可视性、可操作性和灵活性越来越完善，新型治疗设备如射频、微波、激光等的应运而生，使当今的内镜已经进入了诊断和治疗并举的时代。电子胃肠镜下的介入治疗已成为消化系疾病主要的治疗手段之一， 原来一些需要开腹的手术，现在在电子胃肠镜下就能完成了。具有微创的特点，免去了病人开腹之苦，疗效好，费用少。
1．内镜下止血
消化道出血是消化内科的常见急症之一 ， 在电子胃肠镜的直视下，通过局部直接喷洒止血药、高频电凝止血、黏膜下注射止血药物、微波止血、激光止血、金属钛夹止血等多种方法，可迅速止血，患者没有痛苦，恢复很快。
2.消化道息肉摘除术
内镜下高频电切除息肉是最理想的一种方法。利用高频电流将息肉组织完整快速地切除并彻底止血，并且能获得整个息肉的病理检查结果。
3．食管胃底曲张静脉的硬化和套扎治疗
食管静脉曲张破裂出血是肝硬化门脉高压最严重的并发症之一，临床上长期依赖三腔管压迫治疗，这种传统方法疗效肯定，但患者痛苦大，近期易复发。经电子胃镜注射硬化剂、栓塞剂及皮圈套扎术治疗食管静脉曲张破裂出血均可获得满意的疗效。
4．食管、直肠狭窄的扩张和支架安置术
因为食道良恶性肿瘤以及食管手术等种种原因而造成的食道和直肠（消化道的入口和出口）狭窄，无法正常进食和排泄，严重影响患者的生活质量和生存时间。在电子胃镜直视下行球囊扩张术、记忆合金支架置入术治疗食管、贲门、直肠狭窄，操作直观、简便、成功率高。
5．内镜下射频治疗胃食管反流病
胃镜下微量射频治疗技术解决了当前反流性食管炎治疗中的重大难题，是当前治疗胃食管反流病的最有效、最安全的方法。整个治疗过程仅45分钟，病人无痛苦，当天即可恢复工作，治疗后两小时患者即感觉症状减轻或症状立即消失；治疗四年后的有效率都维持在90%以上。
6．晚期消化道肿瘤的微波和激光治疗
对年老体弱不能耐受手术或已不能手术的食管、贲门癌、直肠癌患者，局部微波烧灼则是一项经济、简便的治疗方法。
7．逆行胰胆管造影（ERCP）检查及治疗等
通过十二指肠镜，还可以对胆系疾病和胰腺疾病进行诊断和治疗。诊断方法包括胆胰管X线造影、胆汁细菌学和细胞学、胆道压力及乳头括约肌功能测定等检查；治疗项目包括乳头括约肌切开术、胆胰管碎石取石术、胆胰管内支架安置引流术、鼻胆管引流术及胆道蛔虫取出术等。
