便秘是一种相当常见的患者主诉。对便秘确切的评估，首先需通过询问获得有关详细病史，发病年龄，症状持续时间，排便次数，大便性状（形态、硬度、是否混有血），排便难易程度，排便时伴随症状（腹痛、腹胀），及对比采取的措施（调整饮食、轻泻剂和灌肠剂的使用）。这些讯息有助于医生的判断。患者所诉便秘是否是患者对正常排便习惯的误解。对于一位成年人，若出现近期排便习惯改变，大便隐血阳性、贫血，则提醒医生必须注意，排除器质性疾病。此外，必须回顾既往用过和目前尚在使用的药物的名单及内分泌、代谢、神经系统疾病和肛门直肠局部病变史。在排除了器质性疾病后，医生必须再排除便秘型肠易激综合征（IBS）。便秘型IBS患者多腹痛明显，便后可缓解。
在临床诊断中，除了详细的病史询问和体格检查，为了排除全身或局部器质性疾病，或阐明功能性便秘潜在的病理生理基础。尚需进一步行以下检查。
用以排除系统性疾病的检查
通过测定血红蛋白、血沉、血糖、血钙、甲状腺功能及其它相关检查，可提示引起便秘的代谢性、肿瘤性或其它系统性疾病。
用以排除肠道结构性疾病的检查
主要为纤维乙状结肠镜和结肠镜检查、钡剂灌肠、腹部平片。对于50岁以上伴有贫血的或大便隐血阳性的患者，为排除息肉、恶性肿瘤等疾病应建议行肠镜检查，对于有腹胀、腹痛者腹部平片可发现有粪便的潴留，并可排除肠梗阻可能。有时钡剂灌肠较结肠镜在明确是否存在机械性梗阻和巨结肠上更为有优势。
排便病理生理功能检测
有关排便生理学的许多资料来源于一系列用于研究目的的检查，这些检查对于大多数患者并非必需。当排除了其他可引起便秘的原发疾病，考虑为功能性便秘时，此时进一步的病理生理学检查可有助于制定一个合理的治疗方案。如要考虑手术治疗时，若术前未发现存在功能性出口梗阻而仅作为结肠无力而行结肠切除，那么手术结果可能并不成功。
结肠通过时间的测定用于测定结肠通过时间的技术可分为放射性方法和核素类方法。放射性技术即让患者口服一定数量的不透X线的标志物，然后间隔一段时间进行腹部X线成像。根据此原理可有多种方法可以计算出全结肠及各节段的转运时间。通过确定标志物的位置，该技术尚能区别通过缓慢型、出口梗阻型便秘。核素类方法即采用一种含有放射性核素小丸的缓释胶囊进行结肠闪烁扫描，此方法能使受检者所受射线的照射较少，但所需设备较为昂贵。
排便造影排便造影即当患者用力将注入的钡剂排入直肠时进行直肠和肛门成像。此技术适用于怀疑有出口梗阻的功能性便秘的患者，是目前观察直肠排空时盆底和直肠壁活动的最好方法，尚能发现和诊断病人的解剖学变异如直肠突出、肠疝或肠套叠。
结肠功能检查
肝门直肠测压肛门直肠测压可以定量地评估直肠敏感性、肛门括约肌功能，常规检测的内容包括有：肛门括约肌最大自主性收缩压、排便压力、静息压、直肠肛门抑制性反射和直肠容量感觉阀值等。在先天性巨结肠病（Hirschsprung病），直肠肛门抑制反射消失，故而可被筛选出来。便秘病人的肛门括约肌最大自主收缩压受损有可能导致结肠切除术后的排便失禁，因此对于结肠次全切除的病人，肛门测压是一种有用的手术前选择检查。
肌电图肛门肌电图可提供有关盆底肌肉的神经支配和功能的有关信息，可用于盆底痉挛综合征、耻骨直肠肌综合征、直肠脱垂和会阴下降综合征的诊断和治疗。因此肛门肌电图应被认为是盆底异常的一种常规检查。
